Skolu pirmsākumi Neretas apkārtnē ir meklējami Kurzemes hercogistes laikā un saistās ar pirmā hercoga Gotharda Ketlera vārdu. Pārbaudījis savus valdījumus, hercogs saprot, ka ir nepieciešamas izmaiņas. Lai tauta strādātu un to būtu viegli pārvaldīt, ir nepieciešama izglītība. 1567. gadā hercogs Gothards Ketlers izdod pavēli uzcelt vai atjaunot baznīcas un to uzraudzībā atvērt skolas. Ar šo pavēli sākās arī Neretas skolu vēsture, jo pēc tās 1584. – 1593. gadā Neretā ceļ jaunu mūra baznīcu un 1596. gadā tās pakļautībā atver tā saukto “latīņu skolu”, kur skolēni apgūst latīņu, grieķu, senebreju valodas, teoloģiju, matemātiku, vēsturi un ģeogrāfiju. Šī skola nepastāv ilgi, un jau 1607. gadā rakstītajos avotos tiek minēta Neretas Ķestera skola, kura darbojas līdz 1919. gadam, kad to pārveido par Neretas pamatskolu. Skolā mācīja lasīt pātarus un nedaudz rēķināt. Pirmie skolotāji ir vācu tautības, un tikai 1859. gadā skolā sāk strādāt pirmais latviešu tautības skolotājs Jānis Reguts (1859.- 1904. g.)
Skolas Neretā vairākkārt mainījušas savu teritoriālo izvietojumu. Pirmā skola celta pie baznīcas, bet no 1815. gada tā atrodas Neretas Ķesterāta telpās, kur skolas vajadzībām izmanto divas telpas. 1877. gadā tiek uzcelta jauna skolas ēka, kur mācās 1. – 4. klašu audzēkņi. Pēc Pirmā pasaules kara Neretas Ķestera skola darbojas kā Neretas pamatskola, 1931. gadā tiek atvērta arī 5. un 6. klase. 1936. gada 30.oktobrī tiek iesvētīta jaunā skolas ēka, kurā mācības norit arī pašreiz. 1936. gada vasarā skolu apmeklēja Latvijas Valsts prezidents Kārlis Ulmanis.
1945. gada 1. septembrī Neretas pamatskola tiek pārveidota par Neretas vidusskolu, un 1950. gada pavasarī ir pirmais vidusskolas izlaidums. Vidusskolu pabeidz 10 audzēkņi (audzinātājs Kārlis Lapiņš).
1990. gadā Neretas vidusskolā tika veikts pirmais kapitālais remonts, kura gaitā realizēja arī Kārļa Ulmaņa vēlmi – lai skolā darbotos centrālā apkure.
2000.gadā Pasaules bankas projekta ietvaros notiek skolas renovācija:
• ierīko autonomo apkuri ar siltā ūdens padevi
• ierīko ventilāciju
• nosiltina mazās skolas ēku
• uzlabo elektroapgādi
2000. gadā ir pabeigta sporta halles celtniecība.
2008.gada 23. septembī tiek atklats sporta stadions
2009.gada 1.septembris svinīga skolas plāksnes atklāšana. Neretas vidusskola tiek pārdēvēta pār Neretas Jāņa Jaunsudrabiņa vidusskolu.
2009.gadā uzsāka darbu renovētā dienesta viesnīca.
2010. – 2016. gadā ir labiekārtoti mācību kabineti.
2014.gadā ieklāts bruģis skolas teritorijā.
2014.gadā projekta ietvaros nosiltināts sporta angārs.
2015.gadā veikts skolas aktu zāles remonts.
2015.gadā tika izbūvēta vitrīna, kurā izvietoti sporta sacensībās iegūtie kausi. Paldies par finansiālu atbalstu Jānim Punduram , Jolantai Krjahovai, Silvijai Teilānei, Vijai Čipānei, Kasparam Ādamam un iniciatīvu sporta skolotājam Mairim Dzenim!
2017. gadā veikta sporta angāra renovācija.
Kopš 2018. gada labākajiem vidusskolas audzēkņiem piešķir uzņēmēju stipendijas.
2019. gadā izveidota Zaļā klase.
2019. gadā veikts skolas otrā stāva gaiteņa remonts.
2020. gadā veikts informātikas kabineta remonts un labiekārtošana
Neretas skola var lepoties ar saviem aaudzēkņiem, kuri ir pazīstami mūsu valstī un ārpus tās robežām: aktieri Jānis Kubilis, Rihards Rudāks; dzejnieki Velta Toma, Imants Auziņš, Maija Briede, Velta Kaltiņa.
